Si por los 4 pines te refieres a algo como esto:
eso es un conector Molex de 4 pines. Lo tendrías que conectar directamente a tu fuente de alimentación. Aquí, el amarillo te da +12V, el negro es masa (GND) y el rojo es +5V. Si eres un poco cacharrero y electrónico, puedes cogerte un multímetro o polímetro y medir la tensión (V, en la escala de 20V) que hay entre el rojo y negro, amarillo y negro y amarillo y rojo (12-5 = 7 voltios) y comprobar lo que te cuento por tí mismo. Nota: para arrancar la fuente tienes que cortocircuitar el verde con el negro y/o el verde con el gris, a no ser que tu fuente necesite una carga (algo sobre lo que dar caña), que en cuyo caso no te empezará a funcionar hasta que no transmita "chicha" a algo (placa base en nuestro caso).
Si por el contrario, el conector del ventilador es algo como esto otro:
me temo que tu ventilador es PWM, con lo que necesitaría en principio una conexión en tu placa de PWM para que cumpla con dicha función. Si no, siempre puedes hacer que un ventilador PWM trabaje como uno de continua normal y corriente (rojo = +12V y negro = masa): se lo enchufas a una clavija de 3 pines de tu placa y listo =), sólo que el tema del amarillo, por el que si no me equivoco la placa mide las rpm del ventilador, no sé que te leería, si te las leería correctamente, etc.
Espero haberte servido de ayuda
Javi ;D