No conozco tu pantalla, pero es posible que al no usar la entrada VGA, los filtros de post-proceso de imagen aplicados sean muy numerosos, y arruinen el escritorio que esperas ver. En el mejor de los casos, si pudieses desactivar todas las opciones de post-proceso de imagen, la calidad no seria realmente mejor que por VGA.
En cualquier caso, no hace falta arruinarse. Cualquier cable DVI->HDMI ultrabarato va a hacer exactamente el mismo trabajo.