El puerto SERIE 2 es simple y llanamente para conectar un USB 2.0 para los desarrolladores.
El puerto SERIE 1 para la tarjeta de red o módem
Y el puerto PARALELO para el Game Boy Player.
Todas las consolas de Nintendo han tenido puertos, pero GC es la primera en usarlos. SNES y N64 nunca fueron usados (salvo en Japón).
Por cierto, podían sacar un cable no oficial USB 2.0 para el puerto paralelo 2 que junto con un chip permita jugar los juegos desde el disco duro del PC. Y para hacer backup.