Configuración de varios mandos simultáneos en RPi?

La situación es la siguiente: tengo un adaptador de Megadrive a USB -con dos entradas-, y un mando USB.
Pongamos que tengo los tres mandos conectados.
El adaptador funciona muy bien, pero como ya sabemos los mandos de Mega Drive sólo tienen 3 botones y los de Master System, 2.
Cuando entro en una ROM, sólo uno de los 3 mandos funciona, que suele ser el que hay en el primer puerto USB (el adaptador) y en el primer puerto del adaptador.
Esto provoca que, jugando con el mando de MD de 3 botones, no pueda entrar al menú de Retroarch ni salir del juego, y con el mando de MS de dos botones, no puedo usar ni la pausa.

Esto se solucionaría si tuviera acceso a los otros dos mandos. Por ejemplo, podría jugar a la Master System con su mando original en el slot 1 del adaptador y utilizar la pausa en el mando de la Mega Drive cuando hiciera falta en el slot 2. O acceder al menú de Retroarch usando el mando USB, o un teclado.
Pero esto no funciona así, (excepto curiosamente en el Ghouls´n Ghosts de Master System!) ya que los demás mandos no responden cuando entro en cualquier ROM.

Por ejemplo, cuando juego a la Master System, si quiero entrar en retroarch, tengo que desconectar el mando de Master System y conectar el de Mega Drive de 6 botones en el mismo puerto para acceder a Retroarch, dando una oportunidad de oro a los macarras del Cyber Shinobi para que me apaleen a placer.

En resumen, necesito configurar algo para que los tres mandos operen simultáneamente, ¿me podéis ayudar? Tengo instalada la Alpha 3.1 de RGB Pi.
Gracias!
No se si será el mismo caso, porque todavía no he probado RGB-Pi (me pillas justo instalándola para probar un tema), pero mi experiencia con Retropie-EmulationStation en cuanto a los mandos es la siguiente:

En Emulation Station, la combinación de start+select para salir de un juego solo funciona (al menos a mi) con el primer mando que configure, independientemente del puerto usb al que lo haya conectado. Luego puedo conectar todos los que quiera y usarlos a la vez, pero esa combinación solo funciona con uno.

No se si van por ahí los tiros. Configura como primer mando el que vayas a tener conectado siempre y vayas a usar para salir de los juegos. Estuve tratando de localizar el fichero de configuración en el que se identificaba el primero de los mandos pero no di con él, y al final hice un backup de la tarjeta y una instalación limpia para resolverlo.
@jose_82, gracias! Pero lo que necesito no es exactamente eso, sino que el mando principal y los demás mandos conectados sean funcionales mientras corre una rom cualquiera. Yo supongo que hay que tocar algo de la configuración, pero no sé el qué.
Por lo que leo, entiendo que tú puedes usar varios mandos a la vez en Retropie y sólo uno sirve para invocar Retroarch. Yo, en Recalbox, sólo puedo usar un mando, y si es el de Mega Drive (3 botones) o Master System, ya no puedo salir de la rom o entrar en Retroarch a no ser que desconecte el mando y conecte otro con los botones necesarios. No sé si me explico.

De todos modos voy a probar a reconfigurar usando Start como Hotkey (ahora uso el botón Mode o Select, del mando de MD 6 botones) y tal vez así pueda usar el de Mega Drive clásico.
No lo he probado, pero si usas A o B como hockey, con A+Start deberías volver a emulation station.
@Tomax_Payne lo acabo de probar con A. Funciona, pero de alguna manera "A" también hace que el juego se acelere muchísimo y me salen mensajes abajo de "saved state", "loaded state" y otras cosas extrañas. Raro.

También he probado poner "start" como hotkey, lo cual es una mierda porque cuando pulsas start te saca del juego (el sistema entiende que has pulsado start +hotkey, o sea start).

¿Hay alguna manera de cambiar estas cosas o es todo fijo?

EDIT: Vale, aunque no es exactamente lo que quería, me las he apañado para configurar un teclado USB para que haga lo que quiero. Otros mandos simultáneamente no funcionan, pero un teclado sí, y se puede afinar bastante usando el propio menú de retroarch (Settings-input).
De este modo, si estoy jugando con el pad de MD de 3 botones y necesito entrar al menú de Retroarch, pulso B en el mando + CTRL en el teclado, y entro. SI quiero salir de la Rom, Start en el mando y Ctrl en el teclado.
Si estoy jugando con el mando de 2 botones de Master System, remapeo Start al botón L (que no existe) para que no interfiera con el mando real, y he configurado el teclado para que pulsando Shift haga de pausa (L).

Estoy bastante contento con esta solución. Ahora me buscaré un teclado numérico para probar (el teclado que uso es muy grande) y si funciona igual me animo a integrarlo en alguna carcasa. Ya se verá.
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