Opino como javitxin18, es mejor colocar los discos duros juntos en el mismo IDE.
Lo cual no quiere decir que otra combinacion no funcione pero seguramente con peores prestaciones.
Por ejemplo los lectores DvD Pioneer son ATA 66 en vez de lo habitual ATA 33 precisamente para que en este caso puedan estar en el mismo canal IDE que un disco duro sin ralentizarlo. Son la excepcion