Si no me equivoco es así la cosa:
28 bit discos menores a 127GB
48 bit mayores a 127GB
En sus inicios el Hdloader solo reconocía hasta 127Gb aunque el disco fuera más grande, luego se "corrigió/patch" para que los discos grandes fueran reconocidos, por eso en el menú de ayuda se habla de "48bit patched HDLoader or HDAdvance 2.0" se refiere en los tiempos que se comenzó a modificar el Hdloader o Hdadvance con el fin de que aceptara discos mayores, actualmente no sólo está modificado para eso sino para mayor compatibilidad con los juegos.
y la otra duda:
Basta con que coloques el Hd en tu Ps2, inmediatamente el Hdloader te dirá que debe formatearse en caso de que sea compatible "aceptas" y tendrás el Hd listo para grabar tus juegos, también puedes formatearlo desde el Winhiip, aunque en lo particular yo lo haría desde el Ps2 ya que no require ningún esfuerzo y de una vez sé si es compatible o no (la mayoría lo son, pero como toda regla tiene sus excepciones)
En el caso más extremo que no exista compatibilidad el Hdloader te lo dirá.