Tengo un netbook con intel Atom 1.6ghz (1 core) y GMA950. En windows, con ffdshow+mplayer classic, incluso los 3 o 4 MKV 1080p que he probado han ido fluidos, y jamas un 720p me ha dado un tiron.. con coreAVC puedo incluso reducir la velocidad del atom con los videos 720p!!
En linux, con el mplayer por defecto la cosa no funciono tan bien, y el VLC ni hablar, un desastre.
Entonces, entre otras puebas, compile el mplayer-mt-git a mano, y probe un video con este comando (no recuerdo exacto)
mplayer -lavdopts fast:threads=2
(aunque el comando de Darumo, por lo q veo, se salta la mejora del video para ganar velocidad)
Usando mt-git la cosa mejoro bastante, y casi funcionaba igual que windows, aunque no igual de bien, espero tu tengas mejor suerte