Asegurate de que tienes configurado el gxmame correctamente, en: Opciones, Opciones predeterminadas, Controles, “Tipo de palanca de juego” = “new i386 linux 1.x.x driver”, Prefijo del dispositivo de la palanca: /dev/input/js0
asegurate de que tu usuario tenga permisos de lectura para js0
P.D.: El gxmame es muy bueno y cumple de sobra, pero tengo que admitir que el mame32 plus es mucho mas completo