Hola,
Yo también tuve este mismo problema ayer...
En mi caso no tuve que descargar nada, leí por ahí que desde el apartado de directorios en ajustes, te dice dónde está la ruta de cada cosa.
Así que ahí te pone donde se guardan los núcleos.
Fui, busqué el nombre del núcleo de paraLLEI, que es parallel_n64_libretro.so
Puse ese mismo nombre en las propiedades del juego en SteamDeck sustituyendo la parte de Mupen 64 Next, y me arrancó sin problemas.
Yo lo necesitaba para poder ejecutar Mario 64 con la traducción en español. Por algún motivo, usando Mupen, después de pulsar Start la pantalla se queda en blanco, mientras que con paraLLEI no hay problemas.