Hola , pues no se responderte a ciencia segura , pero me suena ke en casa ( ahora toy en el currele) he visto esa opcion en el proftpd .
YO lo configuro a traves del paquete gproftpd que lo puedes bajar desde synaptic.
Gproftpd es un gui para el fichero de configuracion de proftpd y me suena de haber visto una pestañita para limitar el espacio.
PD : Cuando este en casa si kieres lo confirmo .