Esto es lo que yo pienso...
Flash:
* Ningún dispositivo Apple lo soporta y no veo a la gente echando pestes.
* Muchas tabletas Android no lo soportan. ¿Por qué? Porque Flash se come literalmente las baterías. ¿Habéis mirado alguna vez el consumo de CPU del navegador visitando una página cargada con Flash? Cuando cerréis la boca del susto, os diré, bien eso en vuestros Core 2 Duo con 2GB de RAM o más, o vuestros Atom con 1GB de RAM, ahora pedidle eso a la pobre 3DS.
HTML5:
* Es un estandar que han sacado hace nada, para lo que vienen siendo estas cosas.
* Si lo decis por los videos, youtube ya permite configurarlo para usar HTML5 en vez de Flash, pero el problema no es el HTML5, sino la codificacion de video, de poco te valdria que la 3DS soportara el tag <video> si luego el video usa H.264 que haria que se cagara el ARM9, el PICA200 y que la batería se acabara en 10 minutos.
* Lo importante y con lo que creo que os confundis algunos, es que soportara XMLhttprequest. Que en cristiano quiere decir que soportara Web 2.0, vamos, gmail, google docs, y este tipo de aplicaciones web.