Bueno, en este caso has hecho bien, pues creo que Windows no puede arrancar en un disco puesto en slave (si me equivoco corregidme), evidentemente arrancará Windows sólo.
Aunque no es sencillo, puede arreglarse para que arranque tambien Linux. Te explico:
1 - Arrancas con un LiveCD de Linux, como Knoppix o Gentoo
2 - Montas la partición de TU Linux
3 - En modo consola, ejecuta este comando:
chroot /mnt/hdb1 /bin/bash
El "hdb1" significa tu particion de linux, tendrás que cambiarlo seguramente, no tengo ni idea de donde lo montará Knoppix.
Ahora estas virtualmente dentro de tu Linux.
4 - Desde ahí ejecuta "nano /etc/fstab" o "vim /etc/fstab" y edita el fichero. Fijate en la primera columna, donde pone hda1, hda2, etc. Pues bien tienes que cambiar cada hda por hdb (la "a" por la "b", manteniendo los números). Guardas y sales del editor.
5 - Abre el fichero de configuración de LILO o GRUB (lo que tengas, "/etc/lilo.conf" o "/boot/grub/grub.conf" y lo mismo, cambia los "hda" por "hdb". Guardas.
Desgraciadamente no recuerdo los parámetros de LILO para instalarse en el boot del disco master, asi que te explico los de GRUB, si alguien sabe hacerlo con LILO que lo diga.
6 - Ejecuta el comando "grub" y entrarás en una especie de shell de comandos. Ejecuta lo siguiente:
root (hd1,0) (Es decir, le dices que la particion donde esta /boot es la primera del segundo disco duro)
setup (hd0) (Que instalará el gestor de arraque en el disco duro master)
quit (Que sale de la shell de grub).
Pues ya esta, ejecutas "exit" un par de veces para salir del chroot y de la consola y reinicias, y con eso debería funcionar.
Buff, mirando atrás me he dado cuenta de que igual es un poco complicado
, bueno si no tienes muchos animos, reinstalalo y ya está.