Yo para grabar mi guitarra con los efectos de la pedalera usaba el soundforge y para editarlo y montar las pistas el audacity. Lo que pasa es que mi pedalera es un mojón y el sonido deja mucho que desear.
Hace un par de meses me recomendaron el guitar rig 3, la verdad es que es impresionante, pero este tipo de programas sin una buena tarjeta de sonido te produce un efecto de latencia que dificilmente se puede arreglar, salvo con un cacharrito con el que puedes conectar la guitarra por usb.
Tambien hay otro programa para simular pedaleras que esta bastante chulo, Revalver. Lo unico chungo es que consume mucha memoria, pero es mucho mas configurable que el guitar rig.
Un saludo