La mejor opción, para mi, es la Neo Geo MVS, y explico porqué:
La puedes encontrar por menos de 100€ según placa y modelo. La mejor es la MV-2F (la que tengo), trae conectores para mandos, lector de tarjetas de memoria, sonido stereo, 2 slots, etc... es la mas completa.
En lugar de comprarla consolizada, compra un supergun aparte. Te servirá además de para la Neo Geo, para todas las placas Jamma, y resultan baratos en comparación a una MV-2F consolizada como dios manda.
Puedes remplazar la Bios de la MVS con la Unibios fácilmente (no como en las AES, que toca resoldar componentes). Gracias a Unibios puedes poner los juegos en modo AES, trucos, soundtest, y muchas cosas más.
Los cartuchos MVS son muchísimo más baratos que los de AES y los CD's. Cuando empieces en esto, ya verás que no puedes comprar sólo uno (o 20)
Un consejo, evita cualquier tipo de emulación; xbox, mame, neo-geo X Gold, etc... No es para fans serios, los juegos no se ven igual (rescalados, filtros, imprecisiones y mierdas varias), y sobre todo no suenan igual, ese sintetizador por hardware Yamaha de la Neo-Geo es inimitable, no hay software que pueda imitarlo al 100%, el sonido que produce es demasiado característico e imperfecto (como lo que sucede con los vinilos).
La Neo-Geo CD, aparte de los tiempos de carga, tiene muchas más pegas, como que los CD's se deterioran y pueden dar problemas de lectura, y que las lentes de esas consolas tienen 20 años y es complicado pillar una consola que la tenga en perfecto estado, AES y MVS son cacharros eternos.
Y un último consejo, jugar a estos juegos en una pantalla LCD es un sacrilegio, si no tienes una TV CRT, pásate por alguna web de segunda mano y cómprate alguna Sony Trinitron de 29" por menos de 50€.
Un saludo.