Yo antes lo cargaba siempre en el PC y listo, nunca se me desconfiguró el mando ni tuve ningún problema parecido.
Ahora me he comprado una base cargadora de mandos (me costó 6 euros en Amazon) y mejor todavía, no tengo que dejar ningún aparato encendido para cargar los DS3. Los engancho ahí, a cargar y listo.