Si estás jugando por descarga DS, no influye para nada en que la consola cliente tenga SC M3 G6 o un juego de GBA metido. Eso da =, de hecho, de haber incompatibilidades sería con el M3, ya que es el único cacharro en funcionamiento. Prueba a poner tu consola como cliente y la de tu novia como host, usando ella el M3 y luego la SC, y miras a ver donde puede estar el fallo.
Por otro lado al final por lo que he optado ha sido por una SC, por 3 motivos:
1 - Es la más barata.
2 - El M3 no me ofrece mucho más de lo que yo necesito, por no decir nada.
3 - Aunque sea más estético el menú etc, quiero esperarme a que salga el nuevo m3, el más pequeño, para comprármelo para la DS Lite, donde si que me importará la estética de los menús y el fondo de pantalla etc. Para las DS de ahora, me importa más tener una opción barata donde cargar mi homebrew, y los backups de mis juegos originales.