Prestashop está más enfocado al e-commerce, pero personalmente yo en los últimos tiempos por sencillez de uso prefiero woocommerce. Woocommerce es gratuito y sólo necesitas wordpress, que también es gratuito, un servidor (asegúrate de que te da encriptación gratuita, es decir, el https para el candadito verde de la barra del navegador) y cumplir la LOPD y la LSSI, que puede parecer un coñazo pero en realidad es más fácil una vez que te metes.
Como pasarela de pago yo huiría de los estafadores de los bancos e instalaría Stripe. Tiene comisiones justas, permite que tus clientes paguen con cualquier tarjeta y sus datos no pasan por tu servidor, lo cual es un plus de seguridad y tranquilidad para tí. Lo ideal es poner también paypal, pero para productos de bajo importe es una ruina por sus abusivas comisiones.
El gran problema es el transporte. Para el pequeño comercio los precios son prohibitivos y claro, como los cargues al producto, se va a la mierda el precio competitivo. Entonces hay que buscar soluciones imaginativas, como vender lotes en lugar de productos sueltos, etc.
En fin, cada cual conoce su negocio, lo suyo es que preguntes en empresas de transporte de tu entorno, te informes sobre algún CMS para tiendas online (prestashop, woocommerce, open cart...) o incluso alguna plataforma que ya te da la tienda hecha y tú solo tienes que poner tus productos, como shopify o Xopie (opción solo recomendada si no puedes crearte tú mismo la tienda por desconocimientos técnicos, ya que también se llevan un buen mordisco de comisión).
Y la otra opción es recurrir a market places como ebay o amazon, que también se llevan su mordida, aunque a cambio obtienes mayor visibilidad y la clientela te busca a tí en lugar de tener que buscarla tú a ella.
Todo es mirar todas las opciones y sacar cuentas.