Anda, parece que esto en los EZ4 es comun XD
En mi caso ni creaba el save, cosas que pasan al tenre firm antiguo, aunque ahora que tengo el ultimo sigue haciendo lo mismo -.-
Yo personalmente lo que hago es a la hora de poner la rom en la SD de paso creo un .sav con el mismo nombre de la rom. Simplemente copio otro que tenga y lo renombro, asi al guardar sobreesquibira los datos y sera el save de la rom
(por ejemplo: SuperMario.nds -> save de otro juego: Ouendan.sav -> hacer copia y renombrar: SupreMario.sav asi de facil xD, para las de gba igual ^^)