Vamos a ver.
CTRL+Botón derecho en el eTerm nos sale un menú para poder configurar eterm. Una de las opciones de abajo es Save Theme Settings que sirve para guardar las opciones de transparencia, color, ... del eterm.
El Save User Settings es para guardar la ruta, variables de entorno, ... del shell.
Otra cosa más.
Con CTRL+Mayus+Botón derecho conseguimos ocultar/mostrar la barra de menús del eterm, por si la habias escondido antes.