Puedes transferir cualquier archivo por FTP, y no es necesario que los juegos esten en ISO, aunque es muy recomendable que tus juegos esten en ISO porque tiene mayor compatibilidad, las transferencias son mas rapidas y reduce los posibles problemas en los sistemas de archivos
Si planeas usar FTP frecuentemente es mejor que uses un cable de red y que lo dejes conectado entre PS3 y PC
Las transferencias de FTP por wifi son lentas, es casi una aberracion, como conducir un ferrari por la montaña, ademas te arriesgas a que en medio de la transferencia se interrumpa la conexion wifi y
eso te deja el sistema de archivos del hdd interno de la PS3 dañado !, ya sea porque has perdido espacio (que no se puede recuperar, a no ser que lo formatees), o sistema de archivos irrecuperable, que significa que estas obligado a formatearlo y pierdes todos los archivos que tenias dentro del hdd interno de la PS3
Edit:
ahhh, y para optimizar la velocidad del FTP deberias usar un cable de red cat5e o superior
P.D.
La velocidad del FTP esta "capada de forma oficial" en PS3 de todas maneras
no recuerdo en que version de firmware lo caparon, pero si ya era lenta antes, despues de aquello la hicieron incluso mas lenta
Y de momento nadie ha descubierto donde esta el problema ni como solucionarlo