No se si se podrá deshabilitar, siendo basado en un UNIX diría que no.
En mi opinión, no lo tocaría, ¿por qué? cuando te sale ese aviso sabes que la operación que va a realizar afecta en el sistema (necesita permisos root, para carpetas especificas). Al igual que en Windows con el UAC, cuando salta el mensaje sabes que va a modificar algo (registro, archivos...) y llevas un control para saber si hay algún fallo después de la instalación y el por qué puede ser.
Un saludo.
