Pero vamos a ver, el Retroarch lo abres, le das "load content", ahí vas a donde tengas el cue o iso, lo seleccionas y te va a salir una pantalla que te va a dar a elegir con qué core quieres cargarlo, seleccionas el de PCE y juegas, no hay que hacer nada más, ¿dónde está la dificultad?. Si eliges mednafen sólo tienes que abrirlo y seleccionar el archivo, nada más. Lo único que tienes que asegurarte en ambos es que la bios está donde le corresponde y que el archivo tiene el nombre correcto, carpeta "system" en retroarch y "firmware" en mednafen.
Si esto te resulta muy complicado vas a tener problemas con cualquier emulador.