Respecto a lo del disco duro, si vas a utilizar en ambos sistemas, puedes formatearlo en formato exFat, así será compatible con los dos.
Lo de desinstalar si no me equivoco es arrastrado la app a la papelera.
Pero vamos desde que tengo el Mac habré borrado un par, y creo que lo hice así, según busque en san Google .
Saludos
Edito: no había leído lo de mantener el formato, para ello algunos usas app, que si no recuerdo mal se llamaban paragon, fuse o tuxera.
Y para especificar más en cuanto a desinstalar, es del Finder en la pestaña de aplicaciones, arrastras desde ahí.
Luego hay programas que te borran los archivos residuales.