Depende de la aplicación, desconozco cuál es el comportamiento (por defecto) de AIDA64 para el reloj de CPU. Digo por defecto porque en AIDA64 en particular se puede configurar casi todo a tu gusto.
Lo "normal" y lo que hace CPU-Z es no complicarse y dar la frecuencia del primer núcleo del procesador (Core #0) que probablemente coincida con el CCD que tiene caché 3D y es algo más baja que la que vas a ver en los núcleos 6-11. A mí me parece una buena solución porque es la solución más sencilla, la que menos ciclos "gasta" para dar la lectura, y normalmente es lo bastante buena para tener una referencia.
Otras soluciones mejores... pues se puede coger la frecuencia más alta, por ejemplo. O la más baja pero excluyendo los núcleos que están en reposo o en algún modo de ahorro de energía (C1E-C10). Depende de lo que quieras mirar o diagnosticar.
En la mayoría de pantallas se pone simple y llanamente para hacer "bonito", así que diría que es irrelevante. Si lo que te molesta es que el valor oscile mucho, es así por diseño, si quieres frecuencia real es como debe ser. De todas formas como casi todo en esta vida seguramente se pueda "apañar" si AIDA64 da alguna opción de scripting para filtrar la frecuencia que se muestra, nuevamente desconozco si es el caso.
edito: Acabo de probar con HWinfo, que es en general menos flexible que AIDA64, igualmente implementa una forma de hacer justo lo que comento más arriba (mostar el valor de reloj más alto), y es uno de los ejemplos que dan:
Saludos
