No se te borrará al actualizar al SM 4.0. Lo único es asegurarte de que tienes instalado algún cIOS antes de actualizar, por si lo necesitaras para otras cosas. Haz también una copia de la NAND antes de hacer nada, por si tuvieras algún problema como el que comentas. Una vez actualizada, según qué vayas a hacer, necesitaras parchear algunos IOS para tener tu Wii completamente "funcional".
Bootmii arranca antes del SM de la consola, por lo que no tendrías ningún problema para recuperarla de un brick como el que comentas siempre y cuando esté bien instalado y tengas una copia correcta de tu NAND.
