Así es , la compatibilidad no depende del dispositivo en sí , ya pueda ser este , un PENDRIVE o un Disco Duro externo
Si el juego no te funciona por USB , te va a pasar lo mismo con un HD externo ,y en caso contrario , lo mismo , si el juego funciona en un PENDRIVE (USB) , este lo hara exactamente igual y de la misma forma desde el HD externo
Como dice XEstebanEdgeX , la compatibilidad depende del lanzador de juegos por USB (OPL , PS2ESDL , USBAdvance) , a veces te encontrarás con algún juego que funciona en un lamzador , mientras que en el otro no lo haga o viceversa , incluso para que funcionen determinados tipos de juego desde el USB tendrás que parchearlo para que sea compatible
Aquí te dejo un Hilo con la lista de juegos compatibles en los diferentes lanzadores
http://www.elotrolado.net/hilo_listado-de-juegos-compatibles-con-usbextreme-usbadvance-y-opl_1421870Y aquí otro Hilo del Open PS2 Loader , en el que te explican como cargar los juegos por USB
http://www.elotrolado.net/hilo_hilo-oficial-open-ps2-loader_1502092Para ello tendrás que ir al apartado del primer post , donde pone GUÍA DE USUARIO OFICIAL OPL 0.9 y en entrar en él , luego en la pestaña que dice USB verás todo lo relacionado sobre esto
Cualquier duda que tengas postéala en su correspondiente Hilo
Saludos