Si te digo la verdad, tengo un cacao importante con el tema del DLDI y no se si es necesario parchear siempre cualquier homebrew o solamente cuando este emplea tema de archivos y tal... haz una cosa: prueba a copiar a la tarjeta las 2 versiones, una sin parchear (el archivo puro .nds) y la otra parcheada con LIDL supermercados, perdón, quiero decir DLDI...
Por otro lado, el tema del error que te da es normal y suele fallar la primera vez, pero si lo lo vuelves a intentar ya te conectará con el servidor...
Asegúrate de que le introduces la IP correcta del PC al principio cuando te lo pide el DS VNC (para saber cual es, por si no lo sabes, puedes abrir una consola desde Inicio/ejecutar/cmd.exe y una vez allí tecleas el comando ipconfig que te dirá la IP de tu PC, osea del server...)
Suerte y cuéntame si sigues teniendo pOblemas.