Sobre la controladora externa, no hay problema. Así es como lo tengo yo. No hay diferencia entre usar una controladora integrada en la placa o usar una pinchada en las ranuras, al fin y al cabo ambas se conectan al mismo bus (PCI).
Sobre si puedes hacer un ghost, claro. Las particiones en raid para el sistema son una partición mas, con su sistema de ficheros, etc... Los mismos programas que funcionan en linux para hacer copias (o lo que sea) de particiones normales, tambein funcionarán sobre particiones raid.
Saludozzzzzz