Yo creo que el S es mucho mejor en muchos aspectos, ha mejorado aspectos del normal y solucionado sus fallos.
Tengo los dos tipos y los he usado bastante, el normal cuando me compré la consola y unos meses más tarde el S. Desde entonces sólo uso el S, y no porque el normal sea enorme, feo o incómodo, sino porque lo encuentro más manejable.
Para empezar el d-pad es infinitamente mejor, con el normal es imposible pulsar una diagonal cuando quieres (es un de los pocos fallos que le veo), en cambio el del S es comodísimo y muy manejable. Imprescindible para los juegos de lucha.
Encuentro que los sticks del S tienen más recorrido y permiten un manejo más suave y preciso. Además tienen una superficie de apoyo mayor que hace que resulte más cómodo.
Los botones principales tienen más separación entre sí en el S y evita equivocaciones o pulsaciones simultáneas no deseadas.
El cambio de posición de los botones blanco, negro, start y back... bueno, aqui no veo ventaja o desventaja alguna, simplemente estan colocados de distinta forma y al principio puede costar acostumbrarse.