Yo utilizo el FormatFactory para convertir de cualquier cosa a cualquier cosa y con cualquier cosa quiere decir que si, incluye de audio a vídeo, de vídeo a foto, de foto a vídeo. Menos convertir un vídeo a Gif (porque hace desastres, al revés si funciona bien de Gif a vídeo) pero para el resto, lo que quieras (Siempre que lo configures correcto y no lo dejes en auto). Es lo que uso para convertir directo y rápido para cambiar el formato de un vídeo, resolución, bitrate, framerate, etc..., ademas permite quitar partes de un vídeo (muy limitado, en plan, empieza aquí y acaba aquí) y también recortar la imagen ¿4:3? nada, recortar y marco para 16:9. Dependiendo del Smartphone que ha grabado el vídeo puede detectar o no la orientación del vídeo por si hay que hacer recortes o reducir tamaño. También permite fusionar vídeos aunque va un poco a su vola, a veces te reconvierte a lo que le dices y otras simplemente te ignora y fusiona manteniendo las specs originales del primer vídeo (Creo que solo pasa cuando uso vídeos grabados con el ShadowPlay de Nvidia)
Para conversiones en MKV utilizo el Handbreak
Para conversiones más profesionales de filtros, escalados, etc... utilizo Hybrid que tiene tropecientas opciones, aunque tiene sus bugs y complejidades a la hora de entender como funcionan o que hacen algunos filtros.
Para edición de vídeo actualmente uso el VSDC Free Video Editor, un AE/SVegas pero gratuito (Tiene sus limitaciones si no pagas pero de lujo para composiciones), y el otro día use Blender para hacer un montaje que me fue más fácil y rápido de hacer que si fuera un editor de vídeo y si tienes los codecs no es problema para exportar el vídeo en cualquier formato (MP4, AVI, MPEG, etc.)