¿que te hace "creer" que tu flascart es "especial"?? Que si estas usando Wood (o una de sus variantes bastardas) Tienes un save estandar de 512Kb (en promedio) y si el save estandar logico funcionara en cualquier flashcart ,Sea un clon bastardo de R4,una Ak2,M3,EZV hasta una SCtwo..A menos que sea algun save poco comun (como el wario DIY el daigassoDX o algun juego especifico)
Ahiora lo que sospecho aqui es el problema, es como tienes gestionado el sistema de saves del emulador,Asi que verifica como esta usando los saves (ya que es mas facil exportarlo a un sistema estandar de save que convertirlo por otros medios)..Asi que ve a opciones y pide al emulador que te exporte el save a "flash 512Kb" que es el formato que el 99% de las flashcarts maneja..