Muy sencillo, no necesitas nada que no tengas:
Para que lo entiendas te voy a poner el ejemplo de como hacerlo con el juego Jump Ultimate Stars
Un ejemplo: Quieres pasar el .sav de Jump Ultimate Stars a .dat
Para hacerlo necesitarias tener un .dat ya creado del Jump ultimate stars en la carpeta de NDSSAVE de tu PC. Tambien necesitarias tener el archivo Jump ultimate stars.nds en la carpeta MIS DOCUMENTOS (es la que yo tengo por defecto en mi pc cuando el game manager me parchea un juego, ahi es donde me lo pone ya parcheado)
Ahora bien, abres el Game Manager y pulsas aceptar hasta que salga el menu principal. En la ventanita que muestra los archivos de tu carpeta mis documentos, haces doble click en el archivo Jump Ultimate Stars, asi aparecerá el menu de guardado. Si el archivo .dat esta en su sitio, deberia aparecer en el menu de guardado. En ese caso pinchas sobre el archivo y pulsas Write .SAV
Buscas el archivo .sav que quieras meter en el .dat y ya esta. Copias el dat a tu ds y listo
P.D. Si usas M3 Perfect recuerda que este graba los datos cuando has apagado y vuelto a encender la consola, asi que antes de pasar el .dat a tu DS asegurate de que no vaya a sobreescribir datos anteriores, sino el .sav se perderia