Yo uso
XviD4PSP, es gratuito y muy sencillo de usar, si no te quieres complicar pon:
Formato: MP4 PSP AVC
Resolución de ruido/Afinar: Disabled
Brillo/Contraste: Disabled
Codificación de Video: x256 HQ Ultra
Codificación de audio: AAC-LC ABR 128k
Abres un video, si quieres hacer una lista para que los convierta uno detrás de otro le das a Guardar, y repites el proceso con todos los videos, si ya has puesto todos los video o querías uno solo, le das a Codificar.
Por cierto le puedes agregar subs, si no te quieres complicar pon el .srt en la misma carpeta con el mismo nombre que el capítulo, con las opciones por defecto se ven muy bien, si las quieres cambiar creo que estaba en la pestaña Video o Herramientas, no me acuerdo...
Como referencia... yo las series de 20 minutos las convierto en unos 5 ó 6 minutos y suelen ocupar unos 70Mb. Te pongo una captura de ejemplo =)