Simplemente conecta el G6 al ordenador (te aparecerá como unidad de disco extraible), entra en la carpeta NDS dentro de la raiz del G6, selecciona todos los archivos que tengas y copiatelos a una carpeta del ordenador.
Cuando los quieras reestablecer vuelve a grabar el juego en el G6 con el U-DISK Manager y sustituye los archivos del G6 (*.0, *.1 y *.2) por los que copiaste antes de formatear.
Si has cambiado el nombre al juego, tambien tendrás que cambiar el nombre a los saves (*.0, *.1 y *.2).
Ejemplo: Tienes instalado en el G6 el New Super Mario Bros con el nombre "0479 New Super Mario Bros (E)", entonces los saves del New Super Mario Bros se llamarán:
0479 New Super Mario Bros (E).0 (este es el save principal)
0479 New Super Mario Bros (E).1
0479 New Super Mario Bros (E).2
Si cambias el nombre del juego por ejemplo quitando el número del backup quedando así "New Super Mario Bros (E)" y lo grabas en el G6 con ese nombre los saves que tenías anteriormente deberías renombrarlos para que te queden con el mismo nombre que el juego:
New Super Mario Bros (E).0 (este es el save principal)
New Super Mario Bros (E).1
New Super Mario Bros (E).2
No se si me he esplicado bien pero no se explicarme mejor.
Espero que te sirva.