Yo me acabo de bajar el Auslogics BitReplica con una licencia gratuíta que daban en su web. Es de los creadores del Disk Defrag.
Pues hace algo como tu dices, que yo ando detrás de lo mismo, pero te agrega los archivos nuevos en carpetas nuevas con cada 'escaneado'.
Ejemplo:
Carpeta 1 martes: Backup completo
Carpeta 2 miércoles: Backup incremental, solo los archivos nuevos
Carpeta 3 jueves: Backup incremeental, solo los archivos nuevos
Probaré con Synkron. También existe FreeFileSync que crear archivos batch para automatizar la copia de seguridad, pero lo malo es que si has modificado algunas carpetas tienes que volver a inidicarle donde está todo.