Con dd puedes clonar de todo y a todo, por lo que podrías clonar un disco duro, o una partición, hacia un archivo almacenado en cualquier sitio. Por ejemplo, si tienes una partición de 20GB, y tienes una partición NTFS por ahí, podrías clonar la partición de 20GB en un archivo de 20GB que se guardaría en esa partición NTFS, donde quisieras tú.
Te clona las cosas tal cual, sin importar si hay espacio libre (el espacio vacío lo almacena igualmente), no sé si se podría comprimir de alguna forma.
Seguramente existan herramientas mejores, pero yo es la que uso. Es un comando sencillo y versátil, y para esto puede servirte bien, aunque sea bastante básico.
Puedes buscar información sobre el mismo, pero la sintaxis básica vendría siendo:
dd if=/dev/sdXY of=/media/discontfs/archivoacrear bs=1M
donde /dev/sdXY sería la partición (lo ves en gparted bien), y luego el archivo que quieres crear. Tienes que tener cuidado con poner bien las cosas, más que nada el of=/xxx, porque el comando no te pide confirmación de nada, cuando lo ejecutas se ejecuta. Si por error metes en el of=/xxx algún directorio o mismo partición que exista, te lo borraría todo!
Por otra parte, el comando creo que suele ser necesario ejecutarlo como root (con el sudo delante), y el bs=1M es para que la velocidad de transferencia sea de 1MBps (o 1Mbps, 1MiBps o loquesea). Se le puede poner más o incluso no ponerle el bs=xM, pero leí que por seguridad y evitar posibles errores es bueno poner esa velocidad.
S2!