Ojo que tienes que decirle que muestre los ocultos en las opciones.
En principio esos archivos que falten no tienen porque ser a tener en cuenta. No se que clase de datos estabas sincronizando, pero si no eran programas instalados y cosas así no tiene que haber problemas.
Otra posibilidad que tienes es usar programas que te clonen un disco en otro (o particiones), tienes Clonezilla, Norton Ghost y otros muchos, lógicamente el discoduro/particion de destino será pisoteado.
O puedes Clonar y a partir de ahí teniendo esa base ir sincronizando ya con el programa que usas.