Esto sólamente es una teoría que tengo:
Realmente no estás perdiendo nada, lo que ocurre es que el sistema de archivos del disco interno es el de la PS3 y el externo es FAT32, entonces lo que ocurre es que se calcula diferente la cantidad de bytes que llevan los archivos en cada formato. El archivo que siempre te falta es un archivo que se crea en FAT32 y que puede ser oculto para organizar el árbol de archivos en el disco.
Para decirlo de otra manera, ya que a mí también me sorprendió al copiar desde un MAC por FTP a la PS3 que todos los juegos ocupaban diferentes GIGAS y claro, el MAC graba internamente en HFS+ y los archivos tienen sus opciones de poder poner el archivo de un color, la cantidad de carácteres para el nombre de archivo, si se puede leer por todo el mundo... Es decir, METADATOS del propio archivo para el sistema. Además en MAC se crean 2 archivos ocultos en cada carpeta para el control de los archivos que lleva dentro y su organización.
Pero bueno, creo que es mi teoría que puede acercarse a la realidad.