Puede que el problema es que el disco destino esté muy muy fragmentado. Si esto ocurre, el cabezal tiene que moverse mucho para desplazarse hasta los "huecos libres" y se pierde bastante rendimiento.
Prueba a defragmentarlo y vuelve a intentar copiar.
Si de paso puedes pasarle algún programa para ver si el estado del disco es el correcto, mejor que mejor.