Como bien dice bykt0r, al instalar como Boot2 es lo menos que se modifica la Wii, no sólo se escribe en la Sd sino también un par de bloques en la Wii, pero es lo más limpia que puedes tenerla para hacer la copia de la Nand.
Si se instala como IOS se modifica el IOS 254 además.
Al día de hoy no hay un método (al menos no a nivel usuario) que permita extraer la copia de la nand de una Wii 100% virgen.