La tarjeta de la Wii U no tiene nada especial ni particiones ocultas ni nada parecido.
Desde un windows copia TODOS los ficheros a otra tarjeta y listos...atención a lo de "TODOS"...no se si existen ficheros ocultos ya que el windows lo tengo configurado para que me enseñe todos los ficheros ya sean lo que sean, del sistema, ocultos...