Si fuera la Flash la consola le daria algun error al arrancar,creo que el fallo esta donde el conector la alimentacion,posiblemente falle el pin 9 que da 3.3V señal de mute al lector o el 5 que controla el Eject,por que si ha probado otro lector y no funciona el fallo es seguro de la placa.
¿Has probado la placa sin el lector conectado a ver?Haz una cosa si tienes el Conectivy Kit alimenta el lector desde el PC y ten el SATA del mismo conectado a la consola,enciende primero el PC para alimentar el lector y luego enciende la consola y comprueba como se comporta esta a ver(una vez terminada la prueba apaga primero la consola y luego el PC).
Un saludo.