Mira te estuve mirando y con el mkvmerge, cuando lo instales y lo ejecutes pinchas en la solapa de opciones generales vas a la seccion de division y habiltas el corte, tienes varias opciones de corte o metiendo tu los codigos de tiempo donde quieres que te haga el corte o te vienen unos cortes ya predifinidos, 350 M hasta 8142 M que son 8 gigas. Luego en la parte de abajo escoges el directorio donde quieres guardar el corte, le pones un nombre a ese corte y le das a iniciar multiplexado, eso es todo
Si tienes duda me mandas un mp y te doy mi msn, saludos