Dependiendo de como esten codificados, va a ser más o menos complicado.
Si quieres intentar evitar la recodificación, un programa que en su dia me funcionaba muy bien era el VideoReDo TVSuite, aunque es un programa de pago.
Yo, en mi casa, hace años que convierto cualquier video a formato MJPEG+PCM a 25fps estereo, lo edito a mi gusto con control conpleto a nivel de frame, y una vez editado con virtualDub lo convierto a un formato definitivo de maxima compresion, como H.265+AAC.
Para las conversiones uso el ffmpeg en linea de comando