Lo de los archivos del sistema me huele a error en la instalación de Firmware, quizás por un error de conexión por el final de la actualización o algo parecido. La verdad que tienes suerte de que se encienda siquiera, lo que te recomiendo es hacer una copia de seguridad de tus partidas que no quieras perder y formatear la consola, después actualiza de nuevo, a ver si no da problemas.
¡ATENCIÓN! Si tienes algo bajado de la WC, si te cambia la ID con el formateo (que no sé si la cambia o no, por eso lo digo) igual no puedes jugar los juegos de la WC, en ese caso, antes contacta con Nintendo, pero por teléfono, porque si mandas un correo te van a tener esperando 2 ó 3 meses (y no te vacilo) para que te respondan que llames a su número de teléfono para que te saquen algo de dinerillo.
No sé, ahí te dejo mis soluciones, tú prueba lo que quieras.
Un saludo.