A mi nunca me ha desaparecido ningun backup, lo que te puede pasar es que cuando algun backup (a mi me pasa con el POP Arenas) es lanzado con select+X te mueve la carpeta PS3 a la raiz del disco externo, y si no monto otro backup, al quitar el disco queda la carpeta fuera y no lo vuelve a poner en su sitio, tengo que hacerlo yo a mano.
Mira a ver si es eso.