Hola,
diría que esto va en Scene, porque probablemente el mensaje de error de
desconexión del mando será debido a que el Hdloader o el propio juego detecta
que ya no está el programa al hacer el cambio de tarjeta y necesita seguir
estando ahí.
Lo raro es precisamente que te hayan estando funcionando bien los juegos
haciendo lo que haces de cambiar la tarjeta donde está el Hdloader, por
eso se vuelve loco, que no lo encuentra, luego sí al darle al start, etc...
En definitiva, no hagas eso de cambiar la tarjeta, haz espacio en la tarjeta
donde tienes el Freemcboot, borra algo y copia en ella las partidas que vas
a usar, todo ello mejor que sea en la primera tarjeta MC0 y no en la MC1.
Otra causa de problemas es si las tarjetas que estás usando no son las
oficiales de Sony, utiliza siempre la oficial de 8MB, las clónicas dan todo
tipo de problemas, así que si la tarjeta donde tienes instalado el Freemcboot
no es la oficial de 8MB, búscate una de ellas y vuelve a realizar la instalación
del Freemcboot.
Luego sobre la compatibilidad del juego Hitman Blood Money, creo que tiene
problemas esporádicos en el sonido con el Hdloader, pero no para que acabe
provocando el cuelgue del juego, podrías probar el nuevo programa Open Ps2
Loader que tiene soporte para el HD interno, a ver si tiene esos problemas de
sonido y de paso reportarlo en su hilo correspondiente en el foro de Scene.
Pero esto del sonido ya sería un tema de compatibilidad del juego con el
disco duro, los anteriores problemas diría que vienen de estar cambiando
tarjetas in situ, y de si ésta no es la oficial.
Saludos.