Depende de lo importante que sea para tí la retrocompatibilidad.
Si tienes muchos juegos de PS2 y pretendes utilizar la PS3 para jugarlos píllate la de 60 Gb, en caso contrario vete a por la de 40 Gb, ya que al parecer fallan algo menos que las de 60 Gb y se calientan menos.
Esto no es una cuestión de cual es mejor o peor, sino de cual te interesa más. La posibilidad de que se estropee actualmente es más o menos la misma.