Yo para grabar audio de mi GBA al PC, usaba cualquier programa para grabar.
Usaba un cable que venía en mi tarjeta de TV.
Enchufaba un extremo al puerto de auriculares, y el otro extremo en la ranura Aux. (la de color azul).
En opciones de Audio, en la página de "Grabación", seleccionaba Aux como grabador predeterminado. ¡Y a grabar!
No sé si algunos tendrán la suerte de disponer del cable que os digo, es uno que tiene los dos extremos iguales, un conector macho para entradas de Audio estándar.
Un saludo!