Pues a parte de los que ya te recomendó Sheenmue que creo que son de los mejores también puedes usar Flash Pro y Adobe Director, en todo los casos habrá que exportar como vídeo. Aunque en el caso de Flash te permite exportar como aplicación de iOS, pero necesitarás una cuenta de desarollador, o tener Jailbreak para verlo.
Luego hay algunas aplicaciones para hacer animaciones Javascript, es decir para páginas web, y esas se podrían ver en el iPhone sin ser vídeo, como Tumltco Hype, Adobe Edge y Sencha Animator, aunque claro al estar enfocados para su uso en la web, como programas de animación estan bastante cortos, pero sino vas animar personajes pues igual te valen.
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